孕晚期小腹隐隐作痛的原因有以下几点：

1. 生理性的疼痛：随着孕周的增加，胎儿在腹中逐渐增大，同时也会引起子宫增大，增大的子宫不断牵拉肋骨，导致孕晚期孕妇感觉小腹隐隐作痛。这种情况下，不需要特殊处理，可以选择左侧卧位改善。

2. 病理性的疼痛：如果孕晚期发生胎盘早剥、先兆早产、流产等情况，孕晚期孕妇可能会出现明显的腹痛，并且腹痛可能会逐渐加重。严重时，还容易感受到胎动消失、休克等。因此，若感受到明显异常，需要及时去医院就诊。

3. 假性宫缩：孕晚期孕妇也可能出现小腹隐隐作痛，这可能与假性宫缩有关。在休息后，如果疼痛可以缓解，那么孕晚期孕妇可以注意休息，观察疼痛是否可以自行缓解。